وأكد الملك محمد السادس فى كلمة ألقاها أن المؤسسة تشكل إطارا للتعاون وتبادل التجارب، وتنسيق الجهود، بين العلماء، للقيام بواجبهم، في التعريف بالصورة الحقيقية للدين الإسلامي الحنيف، وبقيمه السمحة، القائمة على الاعتدال و التسامح والتعايش.
واعتبر الملك أن قرارإحداث هذه المؤسسة، ليس نتاج ظرفية طارئة، و لا يهدف لتحقيق مصالح ضيقة أو عابرة، وإنما يندرج في إطار منظور متكامل، للتعاون البناء، والتجاوب الملموس ، مع مطالب عدد من البلدان الإفريقية الشقيقة، على الصعيدين الرسمي والشعبي، في المجال الديني.
وعبر عن ثقته بأن هذه المؤسسة، بمختلف فروعها في البلدان الإفريقية، ستقوم إلى جانب كل الهيآت الدينية المعنية، بدورها في إشاعة الفكر الديني المتنور، ومواجهة ما يروج له بعض أدعياء الدين، من نزوعات التطرف والانغلاق والإرهاب باسم الإسلام. وهو منها براء.
من جانبه أكد بوبكار دوكور من بوركينافاسو، فى كلمة باسم العلماء الأفارقة، أن “حضور العلماء الأفارقة المتشرفين بعضوية المجلس الأعلى لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة يعكس انخراطهم ومباركتهم لمبادرة أمير المؤمنين الهادفة إلى “إقامة كيان يمكن علماء إفريقيا من التعاون في سبيل خدمة دينهم وتنمية مجتمعاتهم.
وأعرب دوكور عن أمله في أن تكون المؤسسة الجديدة مشتملة على كل علماء إفريقيا الأوفياء الموثوقين على مصالح بلدانهم العليا، وأن تسير على الأهداف التي وردت في النص المحدث لها ويضاف إلى أولوياتها محاولة تسوية جميع الصراعات القائمة، لا سيما في إفريقيا، تسوية شاملة ودائمة وقائمة على العدل وإحقاق الحقوق، وتشجيع استمرار الحوار بين الديانات والثقافات المختلفة، على أساس من الاحترام المتبادل وعدم محاولة أي طرف فرض قيمته وثقافته على الآخرين.
وطبقا للظهير الشريف رقم 75-15-1 المتعلق بإحداث مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة، يتألف المجلس الأعلى للمؤسسة، علاوة على الرئيس المنتدب للمؤسسة بصفة رئيس، من جميع أعضاء المؤسسة.
ويتكلف هذا المجلس بالشؤون العامة للمؤسسة، حيث يتداول في كل القضايا التي تهمها، ويتخذ جميع القرارات التي تمكنها من تحقيق أهدافها، لاسيما تحديد التوجهات العامة للمؤسسة، ودراسة برنامج عملها السنوي والمصادقة عليه،إلى جانب مشروع ميزانية المؤسسة، ومشروع النظام الداخلي
كما يعمل على دراسة القضايا المحالة عليه من قبل رئيس المؤسسة، وترشيحات الأعضاء الجدد بها وعرضها على الرئيس والمصادقة على التقرير المتعلق بالحصيلة السنوية لأنشطتها وتقريرها المالي.
ويضم المجلس الأعلى للمؤسسة 121 عالما من 31 دولة أفريقية بينهم سبعة من موريتانيا، وثمانية من علماء السنغال، إضافة إلى عشرين من العلماء المغاربة.